Osmanlı İmparatorluğu'nun en güçlü kadınlarından biri olan Safiye Sultan, 1550 yılında Venedik'te Sofia Bellicui Baffo adıyla dünyaya geldi. Babası Leonardo Baffo, Korfu Adası'nın Venedik valisiydi ve Sofia oldukça zengin bir ailede büyüdü. 12 yaşındayken Akdeniz'de bir gemi seyahatinde Osmanlı korsanları tarafından kaçırıldı. Bir yıl sonra Pera köle pazarında, Nurbanu Sultan’ın oğlu III. Murad için büyük bir servet ödeyerek satın alındı.

İki yıl boyunca haremde eğitim gören Sofia'ya, saf, arı ve duru güzellik anlamına gelen "Safiye" adı verildi. On beş yaşına geldiğinde III. Murad'a sunulan Safiye, güzelliği ile III. Murad'ı kendisine âşık etti.

III. Murad tahta geçince, Safiye Sultan baş kadın oldu. Büyüleyici güzelliği ve parlak zekâsı ile büyük bir nüfuza sahip oldu. Yeni Valide Sultan olan Nurbanu Sultan bu nüfuzu tehdit olarak gördü ve ondan kurtulmak istedi. Mihrimah Sultan, Esmehan Sultan ile Gevherhan Sultan bu rekabetin öncüleriydi. Safiye Sultan'ı gözden düşürmek amacıyla Sultan Murad'a her gün yeni bir cariye sunuldu. Ancak III. Murad'ın gözü hep en sevdiği hasekisinde idi. 1585 yılına gelindiğinde güçlü kadın düşmanları yoktu, ancak Mihriban Haseki Sultan, Nazperver Haseki Sultan, Şahuban Haseki Sultan, Fahriye Haseki Sultan, Şemsi Ruhsar Haseki Sultan gibi kadın rakipleri hala vardı. Safiye Sultan, iktidar yolunda önüne çıkan engelleri kaldırma mücadelesi verdi.

Safiye Sultan, devletin iç işlerine olduğu kadar dış işlerine de müdahale etmekteydi. Bu anlamda diğer ülke hükümdarları ile doğrudan mektuplaşıp, diplomatik ilişkiler kurduğu bilinmektedir. İngiltere Kraliçesi I. Elizabeth, 1593'te ona mücevherlerle işlenmiş bir portre gönderdi. Safiye Sultan ise kraliçeye gümüş işlemeli elbise ve kemer ile altın işlemeli iki mendil hediye etti. Hediyeleşme işleri, onun valide sultanlığı döneminde de devam etti; kraliçeye sunduğu bir arabaya karşılık, elbise, kuşak, üç mendil, gümüş işlemeli iki havlu, yakut ve inci ile bezenmiş bir taç hediye etti. Valide sultana İngiltere'nin elçisi Edward Barton'un verdiği hediyeler nedeniyle İstanbul'da yapılan tayinlerde etkin bir rol oynadı. İngiltere kraliçesi ona, 1599'da süslü bir araba hediye etti ve Safiye Sultan da o zaman için alışılmadık bir şekilde bu araba ile İstanbul'da gezdi.

Safiye Sultan, eşi III. Murad'ın padişahlığının ilk yıllarında kayınvalidesi Nurbanu Sultan ve kızları Esmehan Sultan ile Gevherhan Sultan'la iktidar mücadelesi yapmıştır. 1583 yılında Nurbanu Sultan'ın ölümünden itibaren eşi üzerindeki etkisi artarak büyük güç kazanmıştır. Safiye Sultan'ın tesiri, oğlu III. Mehmet'in döneminde de devam etmiştir. Eşi ve oğlunun padişahlıklarında sadrazamların sık sık değişmesinden sorumlu olduğu öne sürülmüştür. Nurbanu Sultan gibi Safiye Sultan'ın da Venedik yanlısı bir politika izlediği ileri sürülür. O da Avrupa ile ilgilenmiş, hatta İngiltere kraliçesi I. Elizabeth'le mektuplaşmıştır.

Safiye Sultan, yurt içi ve yurt dışı işlerini Yahudi asıllı sekreteri (Kira) Esperanza Malchi aracılığıyla yürütmüştür. Esperanza Malchi, Safiye Sultan'a yaptığı hizmetlerden ötürü büyük bir servete ulaşmıştır. Bunu çekemeyen yeniçeriler tarafından başlatılan bir ayaklanma sonucunda Esperanza Malchi 1600 yılında öldürülmüştür. Safiye Sultan'ın iktidarının geleceğini Şehzade Mahmud ve annesi tehlikeye düşürüyordu, bu yüzden gelin ve torunun ortadan kaybolması gerekiyordu. Safiye Sultan, oğlu III. Mehmet'i doldurarak amacına ulaştı. Şehzade Mahmud 1603 yılında sarayda sessizce boğduruldu. Annesi de sürgün edilmiştir. Sultan Mehmet tahta çıkar çıkmaz ilk işi 19 kardeşini boğdurtmak olmuştur. Öldürülenlerin çoğu bebek olduğundan bu olay Osmanlı tarihinin en kanlı olaylarından biri olmuştur. Bu olaydan sonra, halkın III. Mehmet'e kin beslediği ve onu sevmediği rivayet edilir.

Safiye Sultan, Valide Sultanlığı döneminde çok etkin rol oynamıştır. III. Murad'ın 1595 yılında vefat etmesi, oğlu III. Mehmet'in tahta geçmesiyle beraber valide sultan olarak devlet içerisindeki yeri daha da güç kazanmıştır. Kocasının ve onun vefatından sonra çevresinde bulunan diğer tehlikeler için oğlunu korumaya çalışmıştır. Gerçekten III. Mehmet'in büyük oğlu Mahmud'un annesinin teşebbüsüyle, tahta geçme planları yaptığı ileri sürülerek onun ve annesinin öldürülmesini sağlamıştır.

III. Mehmet, önemli konularda kendisine danışırdı. Nurbanu Valide Sultan günde 2.000 akçe alırken, oğlu onun maaşını günde 3.000 akçeye çıkarmıştır. Bu maaş, oğlunun ölümünden sonra gönderildiği Eski Saray'da da kendisine verilmiştir. Devlet adamlarından rüşvet ve hediyeler alarak, memuriyet tayinlerinde başrol oynamıştır. Ahali ve memurlar, devlet işlerindeki bu etkin faktörünü bildiklerinden işlerini yapabilmek için ona başvururlardı.

Safiye Sultan, Ocak 1619'da Eski Saray'da bilinmeyen bir nedenle vefat etti. Naşı İstanbul'da Ayasofya Camii'nin eski vaftizhanesi olan kocasının türbesine defnedildi.