I. Mehmed, Rumeli'deki olaylarla uğraşırken Karamanoğlu yeniden harekete geçti. Germiyanoğlu Yakub Bey'in Mehmed Çelebi'ye itaatini bildirmesi üzerine Bursa'yı kuşattı. Hacı İvaz Paşa'nın kahramanca müdafaası üzerine Yıldırım Bayezid'in sur dışında kalan kabrine hakaret bile etti. Bu kargaşa içinde sultanlık koltuğuna oturan Mehmed Çelebi, Aydın'daki Candaroğullarının da tabiiyetini kabul ettikten sonra Karamanoğlu'nun üzerine yürüdü ve halasının oğlu olan Karamanoğlu II. Mehmed Bey'i esir aldı; ancak sonra affetti. Bu arada, Venedik donanmasına karşı 1416 yılında Çalı Bey komutasındaki Osmanlı donanması hücuma geçti, ancak mağlup oldu. Buna karşılık, Macar Kralı Sigismund'un haçlı seferi teşebbüsü, Mehmed Çelebi'nin bir paşası olan Gazi İshak Bey tarafından püskürtülünce Osmanlı prestij kazandı. İshak Bey'in 1415 muharebesinden sonra Türklerin Bosna Sarayı dedikleri Sarajevo Osmanlı'nın eline geçti. İshak Bey'in Rumeli'deki bu fetihleri Romanya ve diğer Balkan bölgelerinde de devam etti. Sultan Mehmed de boş durmayarak Sinop'daki Candar Beyliği'nin bir kısım topraklarını Osmanlı Devleti'ne ilhak etti.

Osmanlı Devleti, yeniden eski ihtişamına kavuşmak üzere iken, iç ve dış düşmanlar iki büyük gaileyi Osmanlı Devleti'nin başına açmakta gecikmediler. Ancak Sultan Mehmed'in fevkalade basiretli idaresi ve Allah'ın yardımıyla bu iki büyük bela da aşıldı.

Bunlardan birincisi, Şeyh Bedreddin isyanı idi. Musa Çelebi'nin kazaskeri ve bir nevi şeyhülislamı olan bu ilim adamı, belli çevrelerce kullanıldı. Musa Çelebi'nin tasfiyesinden sonra Sultan Mehmed tarafından yüksek bir maaş verilerek İznik'te mecburi ikamete zorlanan Şeyh Bedreddin, Aydın ve İzmir taraflarında fesada başlayan Börklüce Mustafa ve Manisa civarında ortaya çıkan ve aslında bir Yahudi dönmesi olan Torlak Kemal ile olan eski ilişkilerinden korkarak, Kastamonu-Sinop-Kefe üçgenini takipten sonra Eflak Voyvodası'na sığındı. Daha önce Şeyh Bedreddin'in kazaskerliği sırasında onun kethüdalığını yapan Börklüce Mustafa, İzmir'de, Urla yarımadasının kuzey tarafındaki Karaburun'da, Yahudi dönmesi Torlak Kemal ise Manisa'nın Kızılbaşlarla meskûn bölgelerinde Osmanlı Devleti'nin aleyhinde bir isyan hareketine hazırlık yapıyorlardı. Şeyh Bedreddin'in de Rumeli'de bu tür hareketlere girişme teşebbüsleri bardağı taşıran son damla oldu. Bizans bunları şiddetle destekliyordu. Ordularının sayısı 5.000 ve 10.000'lerle ifade edilen ve Dede Sultan diye de anılan Börklüce Mustafa'nın isyanı, Timurtaş Paşa-zade Ali Bey'in de mağlup olmasıyla ciddileşti. Mehmed Çelebi'nin oğlu Şehzade Murad, Bayezid Paşa'nın da yardımıyla Börklüce Mustafa ve asi kuvvetlerin üzerine yürüdü ve ele geçirilen Dede Sultan idam edildi. Bunu Torlak Kemal'in tepelenmesi izledi ve böylece Osmanlı Devleti'nde ilk ciddi Alevi isyanı bastırılmış oldu.

Bunun üzerine Rumeli'deki Deliorman'da yerleşen Şeyh Bedreddin isyanı genişletme çabalarını sürdürdü. Selanik taraflarında Düzmece Mustafa ile meşgul olan Sultan Mehmed, olayı duyunca hemen Serez'e geldi ve Bayezid Paşa'nın gayretiyle Şeyh Bedreddin ele geçirildi ve Serez çarşısında idam edildi. İdamına fetva veren ise Sa'deddin Teftezani'nin talebelerinden olan Herat'lı Mevlana Haydar'dır. 1420 yılında bu olay da kapatılmıştır.

Sultan Mehmed'in ikinci belası ise Timur tarafından esir alınarak 16 yıl ortadan kaybolan ve ancak Bizans ve benzeri dış düşmanların tahriki ile saltanat iddiasıyla ortaya çıkan Yıldırım Bayezid'in gerçekten oğlu Düzmece Mustafa'dır. Normalde Sultan Mehmed'in ağabeyidir. Niğbolu Sancakbeyi Aydınoğlu Cüneyt'in de desteğini alarak kıyam eden Düzmece Mustafa, Sultan Mehmed'e yenildi ve Bizans İmparatoru'na sığındı. Sultan Mehmed hayatta olduğu müddetçe salıverilmemek ve buna karşılık İmparator'a yılda 300.000 akçe ödenmek şartıyla anlaşma yapıldı ve hatta bu anlaşmanın da etkisiyle Sultan Mehmed, 1420'de İstanbul'da İmparator II. Manuel'i ziyaret bile etti.

Sultan Mehmed Çelebi 39 yaşında vefat etti ve Bursa'daki Yeşil Türbe'ye defnedildi. Vefatında Osmanlı Devleti eski genişliğine ve kuvvetine ulaşmıştı. 24 kere savaşa giren Mehmed Çelebi 40 yerinden yara almıştı. Samimi, dürüst, dindar ve diplomat bir devlet adamıydı.

Sultan Mehmed Çelebi zamanındaki ileri gelen devlet adamları arasında, baştan beri onun sadık bir veziri olan Bayezid Paşa'yı, ilmiyeden gelen İbrahim Paşa'yı ve Bursa kahramanı Hacı İvaz Paşa'yı; asrındaki büyük âlimler arasında Sa'deddin Teftezani'nin talebelerinden Mevlana Burhanüddin Haydar'ı, Mevlana Sarı Yakub'u, Kara Yakub lakabıyla meşhur olan Yakub bin İdris'i, Kafiyeci lakabıyla meşhur Mevlana Muhyiddin'i ve Bayezid-i Sofi'yi; zamanındaki maneviyat erenlerinden özellikle Şeyh Abdüllatif'i, Amasyalı Pir İlyas'ı ve Şeyh Muslihuddin Halife'yi; şairlerden ise sadece Hüsrev ü Şirin müellifi Şeyhi ile Molla Ezheri ve Şair Zihni'yi sayabiliriz.