I. Murad'ın vefatı Anadolu'da karışıklıklara sebep oldu Karamanlıların desteği ile beylikler tekrar egemenliklerini güçlendirmeye başladılar.

Beyazıt ilk önce bunlara yeteri tepkiyi gösteremedi. Yaklaşık bir sene oyalama taktiği kullandı. Çünkü Rumeli'nde dengeler çok hassastı. Beyazıt Rumelini hizaya soktuktan sonra Anadolu'ya yöneldi. Daha alındığı halde fırsattan yararlanıp bağımsızlıklarını elde eden beylikler üzerine yöneldi.

Beyazıt döneminde Anadolu siyaseti artık belli bir sisteme ve meşruluğa kavuşmuştur. Beyazıt özellikle Niğboludan sonra aldığı “Sultan-ı İklim-i Rum” sıfatıyla Abbasi Halifesinden takdir de almıştır.20 Böylece artık Anadolu Sultanı olan Beyazıt daha rahat hareket etme fırsatını bulmuştur.21 Bu, Beyazıt'ın yaptığı Anadolu seferlerinde kullanabileceği bir meşruluk kaynağıydı.

Dolayısıyla Beyazıt Anadolu'yu büyük bir oranda Osmanlı himayesine alırken diğer padişahların sahip olamadığı bir ayrıcalık elde etmişti.

I. Murad'ın vefatı üzerine Beyazıt tahta geçti. Küçük kardeşi Yakup Çelebi'yi öldürttü.

Karaman beyi her fırsatta Osmanlının kırılma noktalarından faydalanmak istiyordu. Yine bu değişikliği fırsat bilen Karamanlı Ali Bey Osmanlı hakimiyetindeki Hamidi topraklarını rahatsız etmeye başlamıştı. Ayrıca yine Karaman Bey'in kışkırtmaları sonucu Aydınoğulları, Menteşeoğulları, Saruhanoğulları da fesatlık çıkarmaya başlamışlardı.23 I. Beyazıt bu durumu ortadan kaldırmak için sefere çıktı.

Sırasıyla Aydınoğulları, Saruhanoğulları ve daha sonra da Menteşeoğullarının üzerine gitti. Bunlar teslim olmak zorunda kaldılar.24 Böylece savaşsız bir şekilde üç beylik itaat altına alındı. Aydın ili Şehzade Ertuğrul'a, Saruhan ili Şehzade Emir Süleyman'a sancak olarak verildi.

Bursa'ya tekrar dönen Sultan, Karaman Bey'inin fitneleri ve Hamidi İli'ne yaptığı tecavüzler üzerine Karaman seferi çıktı. Kendisine karşı Kadı Burhanettin'in safına geçen Candaroğulları'nın üzerine yürüdü. Eflak voyvodasının Osmanlıya saldırması daha sonra da kış mevsiminin gelmesi üzerine uzun süre neticelenemeyen sefere Candaroğulları'nın Kastamonu şubesinin 1392 yılında alınmasıyla başladı.25

Daha sonra Konya üzerine yürüyen Beyazıt'ın gelişinden korkan Ali Bey kaçtı. Kaleye sığınan Ali Bey karşı koyamayacağını anladı ve özür diledi. Bütün yaptıklarına rağmen Çarşamba suyu sınır olarak kabul edildi. Larende ve Taşeli Karamanlılara bırakıldı. Sultan'ın Eflak'la ilgilenmesini fırsat bilen Karaman Beyi, Timurtaş Paşa'nın kontrolünde bulunan yerlere saldırmış ve Timurtaş Paşa'yı esir etmişti. Sultan Beyazıt bunun üzerine sefere çıktı. Her ne kadar Paşa serbest bırakıldıysa da Konya, Aksaray, Larende ile birçok belde Osmanlı hakimiyeti altına geçti.26 Ali Bey idam edildi.

Beyazıt attığı adımlarla artık büyük bir imparatorluğun sinyallerini veriyordu. Çünkü fetihlerle beraber Anadolu'da da dağınık bulunan Türk beyliklerini yavaş yavaş itaat altına alıyordu.

Karamanoğullarını Osmanlı idaresine alan Beyazıt, Canik Beyi Cüneyt Bey idaresindeki Samsun'u aldı. Daha sonra Çarşamba ve Terme bölgesindeki beylikleri aldı. Taceddinoğulları ve Taşanoğullarını da alan Beyazıt, Trabzon Rum İmparatorluğu ile sınır komşusu oldu.

Ayrıca Sivas merkezli olan Kadı Burhanettin Devleti, Akkoyunlularla yapılan savaşta Kadı Burhanettin'in ölmesi sonucu, devlet adamlarının Osmanlıdan yardım istemesi sonucu bu devletin toprakları Osmanlı idaresine girdi.29 bu seferler sonucu Osmanlı, iki büyük devletle karşı karşıya kaldı. Birisi Timur Devleti, birisi de Memluk Sultanlığı idi. Çünkü Dulkadiroğulları Beyliği tehdit altına alındı ve Memluk hakimiyetini tanımış olan bu beylik iki büyük devleti karşı karşıya getirmiş oldu.

Sultan Beyazıt Memluk Sultanının ölmesi üzerine Dulkadiroğlu Beyliğine son verdi (1399). Ayrıca Memluk idaresindeki Malatya ve çevresini zaptetti.

Timur, Hindistan'a yapacağı büyük sefer için artık araları açılmış olan Osmanlı ile Memlukluları saf dışı etmek gerektiğini düşünüyordu. Bu amaçla Sivas'ı yağmaladı böylece kaçınılmaz hale gelen düşmanlık su üstüne çıktı. Karşılıklı yapılan restleşme şeklindeki mektuplaşma artık iki devleti kaçınılmaz savaşa sürükledi. Ankara Çubuk Ovasındaki savaşın başında Osmanlılar üstün iken, Kara Tatarların ihaneti ile Osmanlı savaşı kaybetti (28 Temmuz 1402). Bu Tatarların Anadolu'ya son taarruzlarıydı.30 Beyazıt esir düştü. 8 ay sonra üzüntüden hastalanıp öldü (1403).31 bu savaşın en önemli sonucu, kurulma aşamasının sonuna gelinmiş olan Anadolu Türk Birliği'nin tekrar bozulmasıdır. Timur, Anadolu'daki beyliklere bağımsızlıklarını vererek, bu birliği dinamitlemiştir. Ayrıca kardeşler arasındaki rekabette Osmanlı İmparatorluğu'nun kuruluşu yarım asır gecikmiştir.