Denizlerde büyük bir güç olan Osmanlılar Akdeniz adalarının önemli kısmını almışlardı. Cenevizlilerin elinde olan Sakız ise alınmamış, bir miktar vergi ile yapılan ticari antlaşmayla kontrol altında tutulmuştu. Sakız adası Ege denizinde önemli ticari depo vazifesi görüyordu.

Kapitülasyonu olamayan devletler de mallarını Sakız'a getiriyor ve buradan Venedik, Ceneviz, Dubrovnik, tüccarı vasıtasıyla Osmanlı limanlarına taşıyorlardı. Adadaki Cenevizliler vergilerini düzenli ödemiyor, fırsat buldukça Osmanlı kuvvetlerine saldırıyorlardı. Bu durum karşısında Piyale Paşa komutasında gönderilen bir donanma burayı fethetti. Piyale Paşa vezirliğe atandı (1568).

Deniz seferleri devam ediyordu. Endonezya'daki Müslüman Açe Devleti'ne yardım etmek için, Hızır Hayreddin komutasında 15-20 parçalık bir kuvvet gönderildi. Böylece Osmanlı hakimiyeti ve gücü Uzakdoğuya kadar uzanmış oluyordu (1569).

Kanuni zamanında başlayan Hint okyanusundaki mücadeleler Sultan İkinci Selim zamanında da devam etti. Yemen, çıkan ayaklanma üzerine sefer düzenlendi. Orada çıkan ayaklanma bastırıldı (1570).

Kıbrıs Venediklilerin elinde bulunmaktaydı. Mısır'ın alınmasından sonra Memluklülere vergi veren Kıbrıs, Osmanlılara vergi vermeye başlamıştı. Ekonomik, stratejik ve coğrafi yönden çok önemli olan Kıbrıs seferinin kolay olacağı düşüncesiyle Lala Mustafa Paşa Kıbrıs Seferine taraftar olurken, Sokullu Mehmed Paşa ise yeni bir Haçlı Seferine yol açacağı endişesiyle Kıbrıs'ın fethine muhalif kalmıştı.

1570 yılının Ekim ayında Kıbrıs'taki irili ufaklı tüm şehirler alınmış, Kıbrıs'ın başkenti durumundaki Lefkoşe Osmanlıların eline geçmişti. Ancak Kıbrıs'ın en önemli kentlerinden olan Magosa henüz alınamamıştı. Lala Mustafa Paşa komutasındaki Osmanlı birlikleri yardımcı birliklerin de gelmesiyle, Magosa kalesini karadan ve denizden kuşatmaya başladı. Yaklaşık bir yıl süren kuşatmadan sonra Magosa da teslim olmak zorunda kaldı (4 Ağustos 1571). Adaya Türkler yerleştirildi.

Kıbrıs Venediklilerin elinde bulunmaktaydı. Mısır'ın alınmasından sonra Memluklülere vergi veren Kıbrıs, Osmanlılara vergi vermeye başlamıştı. Ekonomik, stratejik ve coğrafi yönden çok önemli olan Kıbrıs seferinin kolay olacağı düşüncesiyle Lala Mustafa Paşa Kıbrıs Seferine taraftar olurken, Sokullu Mehmed Paşa ise yeni bir Haçlı Seferine yol açacağı endişesiyle Kıbrıs'ın fethine muhalif kalmıştı.

1570 yılının Ekim ayında Kıbrıs'taki irili ufaklı tüm şehirler alınmış, Kıbrıs'ın başkenti durumundaki Lefkoşe Osmanlıların eline geçmişti. Ancak Kıbrıs'ın en önemli kentlerinden olan Magosa henüz alınamamıştı. Lala Mustafa Paşa komutasındaki Osmanlı birlikleri yardımcı birliklerin de gelmesiyle, Magosa kalesini karadan ve denizden kuşatmaya başladı. Yaklaşık bir yıl süren kuşatmadan sonra Magosa da teslim olmak zorunda kaldı (4 Ağustos 1571). Adaya Türkler yerleştirildi.

Kıbrıs'ın alınması Avrupa'da bir Haçlı donanmasının hazırlanmasına neden oldu. Don Juan komutasındaki Haçlı donanmasında Venedik, İspanya, Malta, Papalık ve diğer İtalya hükümetlerine ait gemiler bulunuyordu. Osmanlı Donanmasının değerli komutanları Pertev Paşa ve Uluç Ali Paşa bu karşılaşma sırasında savunma yapılmasını istedilerse de Kaptan-ı Derya Ali Paşa saldırıda bulunulmasını istedi.

İki donanma Mora'nın kuzey, Orta-Yunanistan ile Karlıeli'nin güney kapılarında bulunan İnebahtı körfezinde karşılaştı (7 Ekim 1571). Şiddetli çarpışmalardan sonra Kaptan-ı Derya Ali Paşa ve beraberindekiler şehit düştü.

Osmanlı donanması beklemediği bir darbe aldı ve çok sayıda gemisi batırıldı. Savaşta büyük başarılar göstererek gemilerini kurtarmayı başaran Uluç Ali Paşa Sokullu Mehmed Paşa tarafından, Kaptan-ı Deryalığa getirildi.

Sokullu Mehmed Paşa yeni bir donanma hazırlamasını istedi. Bunun için çok sayıda malzemeye ihtiyaç olduğunu kısa süre içinde böyle bir donanmanın hazırlanmasının zor olduğunu söyleyen Uluç Ali Paşa'ya Sokullu; "Bütün donanmanın demirlerini gümüşten, halatlarını ibrişimden, yelkenlerini atlastan yapabiliriz. Hangi geminin malzemesi yetişmezse gel benden al. " demesi Osmanlı Devleti'nin o dönemdeki gücünü göstermesi açısından önemlidir.

Sokullu Mehmed Paşa gönderilen Venedik elçisine İnebahtı Deniz Savaşıyla ilgili olarak "Biz Kıbrıs'ı almakla sizin kolunuzu kestik, siz İnebahtı'nda bizi yenmekle, sakalımızı tıraş ettiniz. Kesilen kolun yerine yenisi gelmez, fakat kesilen sakalın yerine daha gür çıkar. "

Bununla beraber İnebahtı faciasından sonra kaybedilen binlerce denizciyi yerrine getirmek kolay olmamış ve tecrübesiz, leventlerden teşkil edilen yeni donanma Osmanlı'ya Akdeniz'de eski kudretini kazandıramamıştır. Artık Avrupa siyasetini yönlendirecek ve ticaret yollarını hakimiyet altına alacak Hint Seferleri gibi büyük projelere de.

Osmanlılar Uluç Ali Paşa komutasındaki yeni hazırlanmış donanma ile Akdeniz'e indi. Venedikliler barış istediler. Ayrıca Tunus kıyılarında bazı bölgeler fethedildi (1574).

Astrahan'ı Türklerden alan Rusların amacı güneye doğru inmekti. Osmanlı Devleti 13 yıl sonra Astırhan'a sefer düzenlemeye karar verdi. Bu seferle beraber Don ve Volga nehirlerinin birleştirilmesi de düşünüldü. Bu sayede Karadeniz ve Hazar birbirine bağlanacak Osmanlılar Asya içlerine hâkim olabileceklerdi. İran tehlikesi ortadan kalkacak Rusların güneye inme hayalleri ortadan kalkacaktı.

Kanal açılma işi Defterdar Kasım Bey'e verilmişti. Kanal'ın üçte biri tamamlanmış olmasına rağmen Kırım Hanının kışın çok uzun ve soğuk olacağı yönündeki olumsuz propagandaları asker ve işçiler üzerinde olumsuz etkiler bıraktı. Kışın gelmesiyle proje yarım kaldı ve bir daha devam edilmedi.

Süveyş kanalının açılması düşüncesi de yine Sultan İkinci Selim zamanında gündeme geldi. Mısır Beylerbeyinin konuyla ilgili sunduğu proje Sokullu Mehmed Paşa'nın bu konuya yeterince önem vermemesi yüzünden ortadan kalktı.